In realtà il manga inizia quando Naruto torna con Jiraiya e poi parte subito lo sfida con Kakashi, il pezzo iniziale dell'anime invece riguardo una parte della storia che sta più avanti ( anche di un bel po' ), forse hanno fatto così perché con tutti i filler di mezzo Sasuke non si vedeva da un secolo.
Cmq in pratica grazie allo Sharingan Sasuke entra dentro la Naruto e parla con Kyubi, il demone guardandolo si ricorda di aver visto già un membro del clan Uchiha, tale Madara, ma non dice niente di preciso, anche se per quel che succede si capisce che tra Kyubi e questo Madara c'è qualche collegamento importante