Ci sono determinati punti della storia in cui bisogna fare delle scelte che vanno ad influire in maniera abbastanza pesante sui punti che si hanno in Esemplare/Rinnegato (soprattutto alla fine uno clamoroso che tra l'altro cambia anche il finale) ma di per sè avere altissimo Esemplare piuttosto che Rinnegato non è che cambi la trama, si ha sempre la possibilità di volta in volta di scegliere cosa fare, e queste scelte non è che vadano a modificare i capitoli successivi del gioco, se è questo ciò che intendi.
Diciamo che io per coerenza ho giocato una partita da "buono" e una da "cattivo" scegliendo sempre secondo l'allineamento :D
Edit: cioè oddio ci sono degli snodi della trama dove in effetti compiendo determinate scelte si influisce sullo sviluppo futuro e sui pg che si avranno a disposizione vedi (ocio non leggete lo spoiler se non siete arrivati quasi alla fine del gioco)
ma ripeto al trama in sè non è che cambi dal giorno alla notte, tranne il finale :P