saro' un po' lungo anche perche per indicare le differenze indico anche cosa e' cambiato rispetto alla serie tv, ma se avete letto fino a qua evidentemente siete interessati ;P
indico solo le differenze nel plot della storia le piccole cose come alcuni dialoghi in piu che fanno notare una misato un po piu incazzosa con shinji o dei messatgi pervenuti a shinji dai compagni o altre cose minime be quelle cambiano poco o niente la trama della storia invece due cose sono ben piu evidenti e cambiano molto la storia o quantomeno molti risvolti di essa.
una delle prime differenze nel plot si ha con l'arrivo di ramiel a tokyo 3 quindi già ben oltre meta del film d'altronde la prima parte era meramente introduttiva
Nella serie tv all arrivo di ramiel shinji esce con l'eva 01 e non appena mette il naso fuori dal geofront con l' eva 01 ancora dentro la catapulta viene immediatamente attaccato dal ramiel al petto, li Misato ordina di farlo rientrare con la catapulta, shinji viene ricoverato etc.
nel film invece la catapulta non può scendere perché bloccata, misato chiede un espulsione forzata dell entry plug dando priorità alla vita del pilota e gendo si oppone fermamente.
Gendo fa capire che l'esplusione del plug farebbe terminare l'at field dello 01 e quindi ci sarebbe una distruzione della unita 01, gendo non vuole perdere lo 01, si capisce da subito che importa ben poco che si salvi suo figlio ma vuole salvare lo 01 cioe' sua moglie Yui.
Misato risolve la situazione facendo esplodere i bulloni che reggono la zona della parte superficiale di tokyo 3, facendo cadere tutta la zona, quindi.
Shinji ha un arresto cardiaco e viene rianimato con una scarica elettrica del plug suit.
Dalla serie tv al film diverge anche il sogno/visione che shinji fa mentre non e' conoscente ed in terapia intensiva, sente suo padre parlare con sua madre e yui chiede a gendo come vuole chiamare suo figlio.
Gendo afferma "shinji se e' maschio, rei se donna", poi la voce di yui inizia a dire shinji ayanami, rei ikari, shinji ayanami, rei ikari e poi "no e' sbagliato" (il classico Chigau!) "e' REI ayanami" a quel punto shinji si sveglia e trova davanti proprio Rei.
Insomma fin da subito si fa notare che c'e' un legame tra shinji e rei stessa quasi come se fossero fratelli ( ed in effetti rei e' "figlia" di Yui almeno nel materiale genetico poiche' nata dalla fusione di yui e lilith stessa, come si sa).
un ulteriore differenza e' come Misato riesce a far risalire shinji sul eva, nella serie tv lo fa spontaneamente dopo aver parlato con rei, nel film invece shinji non ne vuole sapere di salire nuovamente a pilotare l'eva, anticipando molto e stravolgendo nettamente una cosa che viene rivelata solo nelle ultime puntate, misato porta shinji nel central dogma apre la porta e gli fa vedere lilith.
Si viene indicata da Misato a shinji come Lilith, il secondo angelo e colei che fara scattare il third impact.
Chi ricorda bene la serie sa bene che per molto tempo si pensa che sia Adam e lo pensano anche gli angeli che sia al central dogma, e solo kaworu, infine, che trovandosi a faccia a faccia con al creatura angelica nella puntata 24 capisce di trovarsi dinnanzi a lilith, la stessa misato nella serie si chiede piu volte di adam sotto la base, invece nel film viene subito svelato che e' lilith, il secondo angelo, oltretutto c'e' gia la lancia di longinus conficcata nel petto mentre nella serie tv si vedeva che gendo e fuyutzuki l'andavano a prendere nel sito del second impact

un ulteriore differenza annunciata e' la presenza di kaworu fin da subito nel film, questo era gia stato detto anche in preview.
Ma alla fine del film oltre che Kaworu, che non vede l'ora di conscere shinji ikari si hanno anche altre rivelazioni si vede anche il corpo di Adam, e non puo' essere altrimenti visto che e' lilith sotto il central dogma

ma la cosa che lascia più pensare e che fa riflettere come qualcosa a livello di plot sia stato e sarà sostanzialmente modificato e che kaworu e' sulla luna e con lui chiaramente anche adam.

e chi ben ricorda in evangelion la luna altro non e' che uno dei due seed pervenuti sulla terra(e' infatti la contestuale presenza di due seed che genera tutto quanto accade in eva) ed a seguito dell impatto con la stessa era rimbalzato e si era stazionato orbitando intorno ad essa.
edit: si il luogo dove sono kaworu ed adam e' proprio la luna: il secondo dvd dell edizione speciale di Evangelion 1.0: You Are (Not) Alone e' il normale film ma in piu ha dei sottotitoli che vengono mostrati per avere l'indicazione ufficiale di cosa viene indicato o ritratto.
quando alla fine del film cambia scena dopo aver inquadrato la luna in quella versione speciale compare questo sottotitolo

ovvero Surface of the Moon, Mare Tranquilitatis. che poi non e' altro che il luogo dove c'e' stato il primo allunaggio dell uomo