Sentenze di condanna
- Nel 2000 è stato condannato in sede civile, dopo essere stato citato in giudizio da Cesare Previti a causa di un articolo sull’Indipendente, al risarcimento del danno quantificato in 79 milioni di lire.
- Il 20 febbraio 2008 il Tribunale di Torino lo ha condannato a risarcire Fedele Confalonieri e Mediaset con 26.000 euro, a causa dell'articolo "Piazzale Loreto? Magari" pubblicato nella rubrica Uliwood Party su l'Unità il 16 luglio 2006. La sentenza è di primo grado e Travaglio ha dichiarato di stare preparando l'appello.
- Ad ottobre 2008 è stato condannato dal Tribunale penale di Roma per il reato di diffamazione aggravato dall'uso del mezzo della stampa, ai danni di Cesare Previti, ad 8 mesi di reclusione con sospensione condizionale e al pagamento di 100 euro di multa. Il reato, secondo il giudice monocratico, sarebbe stato commesso mediante l'articolo Patto scellerato tra mafia e Forza Italia pubblicato sull’Espresso il 3 ottobre 2002. In sede civile, a causa del predetto reato, Travaglio è stato condannato in primo grado, in solido con l'allora direttore della rivista Daniela Hamaui, al pagamento di 20mila euro a titolo di risarcimento del danno in favore della vittima del reato, Cesare Previti.
- Il 28 aprile 2009 è stato condannato dal Tribunale penale di Roma per il reato di diffamazione ai danni dell'allora direttore di Raiuno, Fabrizio Del Noce, perpetrato mediante un articolo pubblicato su L'Unità dell'11 maggio 2007.
Procedimenti con estinzione del reato per remissione della querela
Dal 2004 è stato oggetto di un procedimento penale per il reato di diffamazione aggravata dal mezzo della stampa, a seguito degli articoli «M’illumino d’incenso» e «Zitti e Vespa», pubblicati sul quotidiano l'Unità nei giorni 12 marzo e 6 maggio di quello stesso anno. Il procedimento ai danni del giornalista si è concluso nel 2008 dopo che la persona offesa, il giornalista Antonio Socci, ha deciso di rimettere la querela a seguito delle scuse pubbliche di Travaglio.
Sentenze favorevoli
-Dopo aver scritto assieme a Elio Veltri il libro "L'odore dei soldi" era stato citato in giudizio da Silvio Berlusconi per diffamazione; il tribunale civile ha stabilito che il libro non è diffamatorio ed ha condannato Berlusconi a pagare le spese processuali.
- In seguito all'intervista nel programma Satyricon del comico Daniele Luttazzi è stata avviata un'azione civile da parte di Mediaset contro Travaglio, la RAI e i direttori Carlo Freccero e Ballandi per diffamazione. Nel 2005 la causa è stata vinta da Travaglio mentre Mediaset è stata condannata a pagare le spese processuali.
- Nel 2005 Cesare Previti ha citato in giudizio Travaglio per una presunta diffamazione nei suoi confronti e nei confronti di Silvio Berlusconi nell'articolo comparso nella rubrica Bananas de l'Unità il 19 aprile 2005. Nel 2007 il tribunale civile di Roma ha rigettato la domanda di Previti e lo ha condannato a rifondere le spese processuali.
- Nel maggio 2009 la Cassazione conferma un proscioglimento sancito l'11 dicembre 2008 dal GIP di Roma, relativo ad un'indagine per diffamazione nei confronti di Fabrizio Del Noce, attraverso la pubblicazione di un articolo su l'Unità del 6 marzo 2007, condannando il querelante al pagamento delle spese processuali e a 1500 euro di ammenda.