Prova a segnarti le cartelle e poi usa un dischetto di avvio per avviare il pc in modalità ms-dos(o se hai win98 o precedente permette di riavviarlo in msdos). Da lì le puoi cancellare di sicuro..
Sarà qualche virus/spyware, ormai senza firewall quelli entrano a decine. Vedi anche il nome della cartella e cerca nel registro di windows se ci sono riferimenti e li cancelli.