La natura di Rei e' una delle cose più complesse proprio per le "relazioni" con yui e lilith, l'incidente di yui, la stessa nascita di Rei e le relazioni con la madre di tutti i Lilim, cioe Lilith
Nell episodio 20 della serie shinji rimane assorbito dall eva 01 come sua madre yui.
Ritzuko, che ha creato gli eva,spiega la natura degli eva definendoli "una creazione Umana fatta ad immagine e somiglianza dell uomo, che non sono mere copie degli angeli ma che contengono Volonta umana" (il riferimento palese e' alle anime all interno).
Maya spiega come la Nerv cerca di operare per recuperare shinji, cito che ho preso il punto della puntata "in altre parole il recupero consisterebbe nella ricomposizione del entita' fisica e nella sua riunificazione con quella psichica" (psichica in inglese e' reso Soul=anima).
Passa il tempo e 30 gg dopo Ritzuko prima di fare il tentativo indica che:" lei non ha creato il piano originale ma che i dati provenivano da un esperimento tentato e non riuscito 10 anni prima".
l'esperimento era stato tentato per Yui.
A seguito di tale esperimento nasce Rei anche perché le date coincidono, siamo nel 2015 e rei bambina(rei I) e' nata nel 2005 (lo dice l'enciclopedia di evangelion), aveva 5 anni quando venne strangolata da naoko, che immadiatamente si suicida, ed il giorno dopo viene creata la nerv dalle ceneri della Geherin.
Da quel tentativo di salvare yui nasce Rei cercando di riformare il corpo di yui e poi unendo la psiche ma questo non avvenne mai.
l'incidente di yui a bordo dell eva 01 avvenne quando l'eva 01 era ancora a contatto con lilith:
"Lilith to Shogôki ga tsunagatta jôtai de Yui wa, Lilith ni sesshoku shi torikomareteshimatta no darô." (Yui performed contact when Liltih and Eva-01 were joined, and was absorbed) - Liner notes from the LD release of episode 23.
cioe' questo:

ma tolto il layer in sovrimpressione, quello dei corpi di rei che si disgregano, si vede

(nell ultima foto con il plug suit con le "alucce" e' Yui)
quindi yui non e' stata assorbita solo dall eva01 ma anche dal corpo di lilith.
in quel tentativo nel ricostruire yui, il fisico viene ricostruito ma la parte della psiche o dell anima introdotta e' di lilith o forse soltanto quella, vista la determinazione di Yui (come si vede nel director's cut ep 21 in un flashback disposta ad essere soggetto di sperimentazione pur di garantire un futuro a shinji)
nasce Rei, quindi, con il corpo e le sembianze di Yui e l'animo di Lilith