A parte il fatto che giocare a DE con il /god mode on è un delitto, visto che non apprezzi per niente tutte le possibilità di scelta che ti dà il gioco (avanzamento stealth o schwarzy mode a scelta), se poi corri verso la fine ti perdi tutto ciò che c'è dietro la trama che hai schematicamente indicato, che fa diventare appunto Deus Ex uno, se non IL, dei videogiochi con la miglior trama mai scritta.
Uscito nel 2000, nello skyline di manhattan non esistono le Twin Towers (giustificato dall'abbattimento delle stesse causa attacco terroristico, un anno prima dell'11/9), la statua della libertà abbattuta dalla stessa UNATCO (precisamente dall'MJ12) addossando la colpa all'NSF (ma pensa te...), analisi spietate di democrazia/capitalismo/socialismo, senza moralismi o altro e tante altre cose che passano decisamente inosservate giocandoci come fosse uno shooter.
E fino all'ultimo non si capisce mai chi sta con chi e chi fa il doppio, triplo o quadruplo gioco.
Se questa è non è una bella trama, non c'è proprio margine per una discussione, è come voler dire che Vacanze a casa di arthu dei vanzina è meglio di Blade Runner o The Machinist.
