I Proxy sono stati creati da un "Dio" (non specificano se Dio viene inteso come essere soprannaturale o sono semplicemente i vecchi abitanti della terra) per guidare gli uomini sopravvissuti.
Sarebbero dovute sorgere 300 comunità (quanti erano i Proxy), sparse per la terra e, come detto prima, avviate e guidate dai Proxy (1 Proxy -> 1 comunità).
Nel progetto per la ripopolazione della terra, tuttavia, c'era qualcosa che non era stato comunicato ai Proxy: una volta avviate le comunità, i Proxy sarebbero stati distrutti.
Proxy One in un certo senso è soddisfatto di come finiscono le cose (Ergo Proxy continua a vivere), e dice che l'Ergo Proxy è una punizione per quel "Dio" che li aveva solo sfruttati per compiere il proprio volere.
Questa è più o meno la storia che sta dietro a tutto l'anime, naturalmente stringata.
Per quanto riguarda il Monad Proxy e la scissione del Proxy One, dovrei andarmi a rivedere minimo le ultime 4 puntate per ricordare, così rischierei solo di darti informazioni errate ;_;
Una cosa è certa però, il riconoscimento del Proxy Monad non è dovuto al suo aspetto, infatti Ergo Proxy viene riconosciuto dagli altri Proxy trovati durante il viaggio quando ancora non si era mostrato (poi gli viene dato l'aspetto di Re-l Mayer perchè Daedalus Yumeno è un pazzo maniaco

-sempre pensato, dalla prima volta che l'ho visto- se ci fai caso anche i suoi Entourage AutoReiv hanno la zona dei rilevatori visivi truccati come Re-l).